MTs Muhammadiyah 3 Yanggong didirikan tahun 1970 dengan luas lahan Wakaf 4.710 m2. Terletak di wilayah Kabupaten Ponorogo yang berjarak kurang lebih 15 km dari pusat pemerintahan kabupaten Ponorogo, tepatnya berada di Dukuh Setutup RT 04 / RW 01 Desa Jimbe Kecamatan Jenangan Kabupaten Ponorogo. Jarak Madrasah terhadap Kantor Kementerian Agama Kabupaten Ponorogo kurang lebih sejauh 10 km, jarak dengan SMP Negeri terdekat 2 km, jarak dengan MTs Negeri terdekat 5 km dan jarak terhadap jarak dengan MTs Swasta terdekat kurang dari 2 km.
Letak sekolah ini berada dalam kawasan pedesaan dengan potensi
masyarakat pertanian, sangat nyaman untuk mendukung kegiatan belajar mengajar
karena jauh dari jalan raya sehingga terhindar dari kebisingan lalu lintas
kota, meskipun jauh akan tetapi jarak dari pusat kota Kabupaten tidak begitu
jauh hanya 15 sampai 20 menit perjalanan. Sedang dari pusat kota kecamatan
hanya 10 menit.
